O texto abaixo é um trecho transcrito do link
https://intranet.cptm.sp.gov.br/Comunic ... News=27803, que você não terão acesso, e do link
http://www.cptm.sp.gov.br/e_noticias/we ... DNews=6780:
"Vale ressaltar que metrô é uma forma de operar trem seja subterrâneo, de superfície ou elevado, em qualquer lugar do mundo. São cinco os itens que caracterizam este serviço: intervalos iguais ou menores do que 6 minutos, confiabilidade de 95% [menos falhas técnicas e mais regularidade], segurança, qualidade das estações e dos trens. Portanto, metrô não é apenas o serviço de trens operado pela Companhia do Metropolitano"
Existem algumas outras coisas não ditas; este texto é mais político, mas sintetiza bem o que é metrô.
Isso responde uma parte da pergunta sobre diferenças de operação - elas não são nenhum impeditivo. Trabalhei nos dois "extremos" tecnológicos: linha 1 e linha 5. A diferença entre equipamentos técnicos é brutal, até mesmo pela data de implantação. E isso acontece entre todas as linhas do Metrô, mesmo sendo uma só empresa; a linha ou estação mais nova sempre será mais moderna que as antigas. E até mesmo por isso, a diferença entre Metrô e CPTM é bem menor do que alguns estão falando aqui. Os equipamentos de controle de tráfego da linha 2 são similares aos da linha 5, que são similares aos da... 9. Todos da Alstom. Obviamente, antes de qualquer mudança, temos de considerar a modernização do que é antigo na CPTM - e o antigo na CPTM está com os dias contados.
A segunda parte, que eu não consigo entender, é que a "divisão" que existe no imaginário popular coloca metrô de um lado e trem metropolitano/regional/longo percurso como se fosse uma coisa só. É o contrário! Metrô e trem metropolitano são uma coisa só; longo percurso e regional é que são diferentes! O futuro é a uma empresa operando metropolitano e outra operando longo percurso e regionais. É essa divisão correta. No mais, endosso tudo o que o Tiago disse. Falou como um técnico, com pensamento de técnico.