A estação de Embu-Guaçu foi inaugurada já construída em alvenaria, em 1934, ainda com o nome de M'Boy-Guassu, que foi "aportuguesado" mais tarde. Esse prédio passou por uma ampla reforma em 1948. Em 1998, a vila ferroviária permanecia ao longo da linha com várias casas, algumas abandonadas, e o prédio da estação estava bastante descaracterizado. Dentro, ainda havia equipamento de telefonia antigo, e o chefe da estação ainda coordenava a manobra de trens nos desvios, que estavam sempre lotados de locomotivas e comboios de carga. A cobertura que se vê na plataforma não tinha mais função, pois o tráfego de passageiros terminou em outubro de 1997, quando ele partia exatamente desta estação e seguia para Santos. Em 2010, o pátio já estava aumentado para abrigar comboios mais longos: na verdade, duas linhas saem do pátio no sentido Santos e se prolongam por pelo menos 2 km ao longo da estrada de rodagem que acompanha a linha no sentido de Engenheiro Marsilac.
Em Embu-Guaçu, ficam carros e veículos de manutenção da ALL. Há 3 passagens de nível na cidade e a estação fica no meio das duas últimas (sentido interior). Chegando à primeira (sentido litoral), os trens param para verificação dos freios e equipamentos e os técnicos da ALL o percorrem, pois para frente já começa a descida da serra e precisa estar tudo em ordem. A sigla de Embu-Guaçu é ZEM (agradecimentos ao Nanah pelas informações).
C30 e veículos de manutenção no pátio de ZEM
C30 passando pela segunda passagem de nível
Fila de carros gerada pela passagem do trem
Vagão de via permanente da ALL no pátio
Vagão e plataforma da estação
Plataforma
A outra plataforma
Panorâmica
Prédio da estação
Início do pátio, próximo à 3ª passagem de nível
Cruzamento na 2ª passagem de nível
Veículo de manutenção e C30 na 2ª passagem de nível
